W kościele znajdują się 24 potężne filary (dwukrotność liczby 12). Każdy z nich jest podzielony przez 12 kamiennych opasek, pomiędzy którymi znajduje się po 12 warstw cegieł. Ta symbolika architektoniczna odnosi się m.in. do patrona – św. Jakuba Starszego, jednego z dwunastu apostołów.
Do korpusu od zachodu dostawiona jest zamknięta dwubocznie, neogotycka kruchta o szerokości nawy głównej, wykonana z wapienia francuskiego i jasnego piaskowca. Na osi trzeciego przęsła korpusu dobudowano dwie symetryczne kruchty od południa i północy.
Kaplice boczne - :
Północna barokowa kaplica Trójcy Świętej z przełomu XVII i XVIII wieku, wykonana według projektu Krzysztofa Tauscha, przykryta jest kopułą ze sztukateriami i polichromiami Feliksa Antoniego Schefflera z 1753 roku . Z tego samego okresu pochodzi rokokowy ołtarz z marmuru przeworzeńskiego, wykonany przez rzeźbiarza Antoniego Joerga. Znajduje się tu także malowany witraż przedstawiający Świętą Rodzinę.
Barokowa kaplica Najświętszego Sakramentu w południowej części kościoła powstała w 1679 roku. Zachował się w niej fragment fresku, prawdopodobnie autorstwa Antoniego Schefflera.
W kościele znajduje się ponadto szesnaście bocznych kaplic gotyckich. Są to:
Kaplica Wniebowzięcia NPM z obrazem pochodzącym z dawnego barokowego ołtarza głównego. W prawym dolnym narożniku malowidła widoczna jest scena ukazująca pożar miasta, gaszony przez aniołów, oraz wizerunek św. Jakuba modlącego się do Trójcy Świętej za pośrednictwem Matki Bożej o ratunek dla Nysy.
Kaplica św. Jakuba z ołtarzem neogotyckim i fragmentem witraża z XIX wieku.
Kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej z zachowanym sklepieniem sieciowym z około 1550 roku. Obraz Madonny Jasnogórskiej wykonany został z okazji Milenium chrztu Polski w 1966 roku.
Kaplica Bracka z kamiennym, polichromowanym, manierystycznym ołtarzem z 1612 roku, w którego centralnej części, w mandorli umieszczona jest rzeźba Matki Boskiej z Dzieciątkiem, zaś w predelli przedstawione zostały sceny Zwiastowania i Pokłonu Pasterzy. Na uwagę zasługuje także renesansowe zwieńczenie kraty z 1609 roku.
Kaplica Matki Boskiej Szkaplerznej z XVI wieku – dobrze zachowana, prawie niezniszczona przez pożar z 1945 roku, ze sklepieniem sieciowym oraz witrażem z XIX wieku.
Kaplica Matki Boskiej Różańcowej z manierystycznym ołtarzem.
Kaplica św. Jana Chrzciciela z renesansowym zwieńczeniem kraty z 1585 roku.
Kaplica św. Krzyża.
Kaplica Ogrójcowa.
Kaplica świętych Apostołów Piotra i Pawła.
Pięć kaplic pełniących funkcję mauzoleów biskupów – Kaspra z Łagowa, Jakuba Salzy, Marcina Gertsmanna, Jana Sicza i Baltazara z Promnicy.
Kaplica-mauzoleum prepozyta katedry wrocławskiej Wincentego Hortensiusa.
Zachowały się także gotyckie portale z połowy XV wieku, z bogatą ornamentacją (głównie florystyczną) w Starej Zakrystii i w niektórych kaplicach.