Stacja węzłowa, sześciokierunkowa. Czynne linie (poza linią podsudecką): Nysa-Opole Zachodnie (ruch pasażerski i towarowy), Nysa-Brzeg (ruch pasażerski i towarowy). Nieczynne linie: Nysa - Ścinawa Mała (linia rozebrana), Nysa-Kałków-Vidnawa (linia rozebrana). Do początku lat 90-tych w Nysie funkcjonowała jedna z największych w regionie lokomotywowni. Dziś po halach parowozowni pozostały już tylko wspomnienia. Na stacji garażowane są autobusy szynowe województwa opolskiego używane do obsługi połączeń w relacjach: Nysa-Kędzierzyn Koźle, Nysa-Brzeg, Nysa-Opole.