W wyniku działań wojennych 21 marca 1945 roku świątynia przeżyła największy w swej historii kataklizm. Spłonął dach, barokowy prospekt organowy, dwie boczne kaplice i grupa tęczowa (krucyfiks w zwieńczeniu Wielkiego Ołtarza), zawalił się szczyt zachodni, przestały istnieć witraże, poważnemu zniszczeniu uległy także pozostałe boczne kaplice i większość wyposażenia.

Ówczesny proboszcz, ksiądz Karl Wawra zdołał jeszcze przed nadejściem frontu uratować niektóre obiekty z wnętrza kościoła – ołtarze boczne wysłano do Javornika, a naczynia liturgiczne zamurowano pod głównym ołtarzem.

Odbudowa zaczęła się wkrótce po przejęciu tych terenów przez państwo polskie. Przebiegała ona jednak bardzo powoli, gdyż władzom miejskim nie zależało na rekonstrukcji świątyni, a na dodatek Nysa była wówczas zobowiązana do dostarczania dużych ilości cegły rozbiórkowej na odbudowę Warszawy. Inicjatorem renowacji kościoła był ks. prałat Józef Kądziołka. Prace na dobre ruszyły jednak dopiero w roku 1957.

Odbudowa przeprowadzona została według projektu architekta Feliksa Kanclerza. Nową konstrukcję nośną dachu wykonano tym razem nie z drewna, lecz z elementów stalowych, aby zmniejszyć prawdopodobieństwo powstania w przyszłości katastrofalnego pożaru. Na kalenicy wybudowano ośmioboczną wieżyczkę na sygnaturkę, a olbrzymi dach pokryto dachówkami ceramicznymi. Wzmocniono fundamenty i sklepienia oraz wmontowano trzy nowe witraże zaprojektowane przez prof. Adama Stalony-Dobrzańskiego. Przy okazji dokonano dalszej "regotyzacji"- z filarów skuto tynk, zdjęto z nich także wielkie figury apostołów oraz ambonę. Zdemontowano również zniszczony Wielki Ołtarz. Odsłonięcie surowej cegły było jednak sprzeczne z wymogami stylu gotyckiego. Odbudowa trwała do roku 1961, natomiast nieustanne prace konserwatorskie nigdy się nie skończyły. Ponownego poświęcenia kościoła dokonał kardynał Stefan Wyszyński 15 sierpnia 1959 roku.

25 lipca 2009 roku, w Uroczystość św. Jakuba Starszego Apostoła, w Watykanie został podpisany przez papieża Benedykta XVI dekret przygotowany przez Kongregację do spraw Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów. Dokument nadawał kościołowi dekanalnemu w Nysie tytuł bazyliki papieskiej (łac. „Bazilica minor” czyli bazylika mniejsza). 23 sierpnia 2009 roku decyzja ta została ogłoszona przez ordynariusza diecezji opolskiej arcybiskupa Alfonsa Nossola.

Tytuł ma znaczenie historyczne i honorowe. Na Opolszczyźnie nadano go wcześniej również sanktuarium na Górze św. Anny. Znakiem nyskiej bazyliki jest umieszczony nad głównym wejściem, odlany z brązu herb papieski.

Rozporządzeniem Prezydenta RP z dnia 28 lutego 2011 bazylika została uznana za pomnik historii.
Za.